22卒コロナ就活生の轍

虎視眈々と日々是鍛錬

下水処理場のサンプリングで糞まみれになった話

※少し汚い写真が出てくるので、苦手な方は見ないでください。

 

夏になりましたね。学校にいくだけで汗だくになります。

昨日は院試で忙しい後輩のために下水処理場に片道2時間かけてサンプリングにいってきました。就活?なにそれ?

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のどかでした。准教授と行きました。コロナのため車は窓全開でした。正直暑かったです。


13時ごろに下水処理場につきました。到着したら現場の方との世間話はよそに、すぐにサンプルリング装備を組み立てました。

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鉄バイプと柄杓を結束バンドで括り付ける簡単なものです。これでタンクの屎尿をくみとります。江戸時代かよ。

今回は、タンクに屎尿があまり溜まっていませんでした。そのため、この秘密兵器で屎尿をすくい上げることが出来ませんでした。(タンクは3メートルくらいの深さがある)

一人で悪戦苦闘していると、現場の人に「あそこの小屋のバルブをひねったら、タンクに屎尿が溜まるよ」と助言されました。(はよ言え

小屋?と思った方もいるでしょう。

私たちの研究対象は、立派な下水処装置ではありません。タンクの制御バルブがある小屋をお見せします。はい。

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プレハブ小屋ですね。中はとんでもなく暑いです。

私は言われた通りにここにあるバルブをひねりました。バルブを少し捻ると、急に「プシュー」と変な音が聞こえました。

「なんの音だろう」と一瞬思いましたが、暑くて早く作業を終わらせたい私は何も疑わずにさらにバルブを捻りました

そして、次の瞬間、私の目の前は真っ黒になりました。

なんと、劣化した屎尿運搬のホースが圧力で外れてしまったのです。時が一瞬とまりました。もう駄目だと。

しかし、私はたまたま消毒液が入った大きめの霧吹きを右手に持っていました。反射神経のいい私はホースが外れた瞬間に、とっさにこの霧吹きで顔を覆いました

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そして見ての通り、この霧吹きが私を守ってくれました。しかし、私の代わりにこんなにうんこまみれに・・・まさか、こいつに助けれるとはな・・・

 

 


みたいな漫画の展開にはなりませんでした

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現実は御覧の通り、小屋もうんこまみれです。手前のホースが今回外れた屎尿運搬ホースです。このホースが私をめがけて倒れてきたおかげで、屎尿クリティカルヒットしました。

唖然としている私に現場の人が駆け付け、シャワー室を貸してくれました。

 

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親切な職員の方が石鹸の代わりにハンドソープやパンツを貸してくれました。(パンツは新品らしいです。)

今思えば、なんでシャンプーじゃなくてハンドソープなんや!!と思いますが、うんこまみれの私にはどうでもよいことでした。

シャワーを浴びてきれいになったのですが、その後のサンプリング途中、なぜか私の周りにハエが沢山とんでました。僕と友達になりたいのかな?

 

しかし、もう二度とサンプルリングはごめんですね。後輩よ、実験頑張ってくれ。今回のサンプルは君が思っている以上に多大な犠牲を払ったのだから。調査兵団の気分


このせいで私は今コロナじゃなくて別の感染症にかかるんじゃないかとビビッてます(笑)

災難だったし、実験と就活は来週からしよう




 

 

「合っていますか」の敬語表現 【会話・ビジネスメール】

 

会話において

会話においては「間違いないでしょうか?」がよく用いられます。

例文
「この書類で間違いないでしょうか?」
「~という認識で間違いないでしょうか?」

ビジネスメールにおいて

ビジネスメールでは、「ご確認お願い致します。」や「ご査収ください。」を用います。

しかし、「ご査収ください」は相手にみる責任がない書類 (営業の提案書など)には利用してはいけないので注意が必要になります。

例文

「書類のご確認を宜しくお願い致します」
「(上司に今月の予算の修正のファイルを送る際に) 予算の修正のファイルを添付致しましたので、ご査収ください。」

 

 

 

熱抽出  プロトコル 【DNA抽出】

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熱抽出とは

最も簡便なDNA抽出法である。所要時間は30分ぐらいである。主にグラム陰性細菌に利用できる。*1


使用試薬

  • TE

 

プロトコル

  1. 培養液を1000 rpmで1分間遠心し、上澄み液を新しいチューブに移した。
    ※この操作では不純物を取り除くことが目的であるため、10000 rpmで遠心しない
  2. 15000 rpmで5分間遠心し、上澄み液を捨てた。
  3. TEを200 µl加え、十分にボルテックスした。
  4. 15000 rpmで5分間遠心し、上澄み液を捨てた。
    ※2~4の作業は、PCR阻害剤が培地中に含まれている可能性を考慮し、沈殿の洗浄を行うものである。
  5. TEを200 µl加え、十分にボルテックスした。
  6. 95℃で10分間インキュベートした。
  7. 15000 rpmで1分間遠心し、上澄み液100 µlを新しいエッペンチューブに移した。PCRには、この上澄み液を利用する。


(追記) 

タカラバイオのサイトでも熱抽出法が述べられていたので参考にして下さい。

https://www.takara-bio.co.jp/kensa/pdfs/kensa_04.pdf

*1:グラム陰性は物理耐性が低く、薬剤耐性が高い。そのため、熱で細胞壁を処理できる。しかし、グラム陽性は物理耐性が高く、薬剤耐性が低い。そのため、熱で細胞壁を処理できないことがあり、DNAが抽出が上手くできない

DNeasy PowerSoil Kit(パワーソイル) プロトコル 【DNA抽出】

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DNeasy PowerSoil Kit - QIAGEN Online Shop

 

 パワーソイルとは

主に土壌サンプルからDNAを抽出する際に利用されるキットです。

ビーズ破砕によるDNA抽出を簡便に行うことが出来ます。だいたい6サンプルで1時間ぐらいが目安。*1

注意点として、nanoドロップ*2でDNA量を測るときはきれいな波長が出ない時があることが挙げられます。(基本的に波長は汚い上に、DNA量はマイナスになることがある)

しかし、PCRかけて電気泳動かけるとバンドが確認できるので基本的にDNAが抽出できていることは確かです。

 

プロトコル

  1. 0.25 gのサンプルをPowerBead Tubeに加えて、優しくボルテックスする。
  2. 60 µlのC1液を加えて、何回か反転懸濁し、一瞬ボルテックスする。
    ※C1液にはSDSが含まれており、低温ではこれが沈殿する場合がある。沈殿が見られる場合は、60℃以下で温めてSDSを溶かす。
  1. Vortex adapterにしっかりと水平になるようにPowerBead Tubeを取り付ける。
  2. 10分間最大回転数でボルテックスする。
    ※サンプル数が12個以上ある場合は、ボルテックスにかける時間を5~10分増やす。ビーズが細胞を破壊することでDNAを抽出する。
  1. 10000×gで30秒間遠心する。
  2. 上澄み液を400~500 µl取り、Collection Tubeに移す。
  3. 250 µlのC2液を加えて5秒間ボルテックスにかける。その後、2~8℃で5分間インキュベートする。
  4. 10000×gで1分間遠心する。
  5. ペレットをとらないように、最大600 µlの上澄み液を2 mlのエッペンチューブに移す。
    ※ペレット*3にはDNAが含まれないため、高いDNA濃度を得るためにはこのペレットをとらないようにする。
  1. 200 µlのC3液を加え、一瞬ボルテックスにかける。その後、2~8℃で5分間インキュベートする。
  2. 10000×gで1分間遠心する。
  3. ペレットを取り除くために、最大750 µlの上澄み液を2 mlのCollection Tubeに移す。
  4. C4液をよく懸濁して、1200 µl加える。5秒間ボルテックスする。
    ※C4液は高濃度塩水であり、DNAと結合する。次の操作14を行うことで不純物を分離することができる。
  1. 13から675 lをMBスピンカラムにとり、10000×gで1分間遠心する。下にたまった液体は捨てる。
    ※DNAはMBスピンカラムのシリカメンブレンに結合するが、不純物は結合しないので、DNAを分離することができる。
  1. 操作14をもう一度行う。
  2. C5液を500 µl加え、10000×gで30秒間遠心する。
    ※C5液はエタノールをベースとした洗浄液である。
  1. 下にたまった液体を捨てる。さらにもう一度10000×gで1分間遠心する。
  2. MBスピンカラムを2 mlのCollection Tubeの中に慎重に移す。
  3. 中心に位置する白色のフィルターメンブレンにC6液を100 µl加える。
    ※C6液… pH8.5 10mM Tris-HCL
  1. 室温、10000×gで30秒間遠心をかける。MBスピンカラムは捨てる。
    DNAは-20℃~-80℃で保管する。

 

 ※本記事による実験の失敗は保障致しかねますので、ご了承ください。

 

 

 

*1:当たり前だが人による。24サンプルとかになると1時間では終わらないと思うが、2時間あれば確実に終わる。

*2:私たちの研究室では、PCRの際に用いるDNAテンプレートの量をnanoドロップによる測定値から計算する

*3:遠心かけた時の沈殿物

就活と研究どっちをとるか 理系院生の悩み

皆さん就活頑張っててすごいです。私は早くも挫折しかけています。

なぜなら、研究をさぼっていて実験データが足りない!!!本当にヤバイ。
ここ1ヶ月は研究室の雑用も多く、まともに実験していません(後輩の実験指導など)。

ということで、昨日の金曜日から真面目に実験してます。

 

今回の実験は細菌群集構造を調べる実験です。簡単に言うと、サンプル中にどんな細菌が何%存在しているのか調べる実験です。

 

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   ↑ 今回使用するサンプル


まずは、このサンプル中に付着する細菌のDNAを抽出します。

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※良い子は裸足で実験をしてはいけません。

 (雨で靴下がびしょびしょでした。)

 

そして様々な試薬を混ぜます。しかし、どこにどの試薬があるのかわからない。
圧倒的ロスタイムがまさかここで生じるとは…

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そして何とかDNA抽出が終わり、PCRをしてDNAを増幅させます。

最近、コロナで有名になったあのPCRです。実験自体は慣れたら簡単です。


そして、PCRでDNAがしっかりと増えたか電気泳動で確かめます。

この作業は何回もしたから余裕でした。(フラグ

と言いたいところが、、、

 

 

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「1番と2番にバンドが見えない」。。。。。。。。。
バンドが見えないということは、DNAが増えていないということです。

要するに実験失敗です。(フラグ回収)まさか、こんな初歩的なところで躓くとは。

 

原因としては、DNA抽出液にPCR阻害剤が含まれていた可能性が大です。サンプルが金属なので。抽出液を希釈してやり直します。(ここまでの作業工程は全体の1/3なんて考えたら負け)

なんて日だ・・・と言いたいところですが、今日は先輩も徹夜で実験するみたいなのでそれに便乗して頑張ります!!

就活も大事ですが、研究をしたくて院に進んだので研究を大切にしたいです。なので、就活 : 研究 = 3 : 7 で頑張っていきます。

 

因みに来週はやっとインターン面接にこぎつけたので、頑張ります!!!

PDCAサイクルの取り入れ方 【PDCAサイクルとは】

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 PDCAサイクルとは

 

PDCAサイクルとは、Plan (計画)・Do(実行)・Check(評価)・Action(改善)を繰り返すことによって、業務を改善していく手法のことです。
https://digitalidentity.co.jp/blog/analytics/about-pdca.html

 

PDCAサイクルでは、まず問題を分析し、有効な解決策を計画(Plan)します。そして、その計画を実行(Do)し、その解決策が有効であったか評価(Check)します。その後、その評価を基に計画の改善(Action)を行います。これを永遠と繰り返すことで困難な問題でも徐々に解決へと近づいていけるという考え方です。


「仕事ではPDCAを意識しろ」なんてよく聞きますが、なにをどうすればいいのかわからない上、いきなりこのPDCAとやらを意識するのは難しいと思います。

そこで、私は小さなことからPDACを意識することにしました。

 

 

無意識の内に私たちは小さなPDCAを回している

 

例えば、息抜きに「面白い映画を探そう」とします。その時、かつての私はよく「面白い 映画」とグーグルで検索してました。


そこで、上位表示されたサイトを見るのですが、結局観たい映画を見つけられず時間を浪費してしまうことが多々ありました。時間の無駄ですね。

 

そこで、私は「友達に面白い映画を聞く」ことにしました。そして様々な映画を紹介してもらいました。

そのおかげでかなりの数の面白い映画を知れました。しかし、教えてもらった映画を何個か忘れてしまいました。

そのため、私は「メモをする必要がある」と考え、次回から携帯にメモをし、ストックするようにしました。

 

しかし、友達には限りがあるので知ることのできる映画にも限りがありました。そこで、私は「息抜きには映画だけではなく、仲の良い友達がおすすめするアニメも観てみよう」と考えました。(オタクへの入り口)

 

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これくらいの試行錯誤ならば、皆さんも無意識のうちに日常でもおこなっているでしょう。実は、これこそがPDCAサイクルです。

このように日常の小さな問題ならPDCAを意識せずとも何となく解決していけると思います。

しかし、仕事やゼミ、研究などの複雑な問題では、このPDCAをしかっりと意識しなければ、なぜ問題解決できなかったのか理由がわからず、無駄な努力を永遠としてしまう可能性があります。

 

日頃の行動からPDCAを意識することが大切

 

冒頭でも述べましたが、いきなり仕事などの大きな問題でPDCAを意識することは、そもそもPDCAを回すことに慣れていないため、戸惑いを感じることが多いと思います。

そのため、日常の簡単な問題の中でPDCAを意識して実践し、少しでも経験を積むことが大切だと考えております。そしてなにしろ、PDCAを意識する癖がつくので、仕事でも徐々に活かせるようになるはずです。

人間は無意識にできるまでには、それまで意識して鍛錬する必要がありますからね!頑張っていきましょう!!

 

余談

最近みて面白かったアニメは「君だけがいない街」です。